Сергій Буковський народився в Башкирії, автономній республіці колишнього Радянського Союзу. Батько — кінорежисер Анатолій Буковський, мати — кіноактриса Ніна Антонова. З самого дитинства він живе в Києві.

Закінчив режисерський факультет Київський державний університет театру, кіно і телебачення імені І. К. Карпенка-Карого. Після служби в Радянській армії він більше десяти років працював на Українській студії документальних фільмів.

За свою 40-річну кінокар'єру Сергій зняв понад 30 фільмів. Деякі з них були взяті в офіційний конкурс і отримали нагороди на престижних міжнародних кінофестивалях у Лейпцигу, Ньоні, Амстердамі, Кракові, Нью-Йорку…

З 1998 по 2003 рік працював провідним викладачем режисури документального кіно в університеті імені Карпенка-Карого. Його учень Ігор Стрембіцький отримав Золоту пальмову гілку в Каннах у 2005 році за короткометражний дипломний документальний фільм.

У 2014 році Буковський та його дружина Вікторія Бондар (сценарист та редактор) заснували Кінопрограму Сергія Буковського як післядипломну програму для молодих кінематографістів.

Член Європейської кіноакадемії, Національної академії мистецтв України, Національної спілки кінематографістів України та Української кіноакадемії. 

Член журі міжнародних кінофестивалів у Лейпцигу (Німеччина), Лісабоні (Португалія), Дьйор (Угорщина), Тірге-Муреш (Румунія), Єревані (Вірменія), Молодість (Київ, Україна), Docudays UA (Київ, Україна) , Одеський міжнародний кінофестиваль (Одеса, Україна).